北海道函館的斧江財團收藏庫收到了來自怪盜基德的預告信。基德這次的目標，是與幕末的新選組副長—土方歲三有關的日本刀。一向追尋大寶石的基德，為何會盯上刀......？關西的名偵探服部平次與柯南等人剛巧為了劍道大賽而造訪當地，在預告犯罪日當天，平次成功識破基德的偽裝，並將他逼入絕境！同一時間，在函館倉庫街上發現一具胸前有十字刀痕的屍體。在調查過程中，在亞洲一帶行動，被稱為「死亡商人」的日裔美籍軍火商浮出水面，他在尋找戰時斧江家第一代當家據說藏在函館某處的寶藏，相傳那是足以讓當時明顯處於劣勢的日本一舉扭轉戰況的強大武器，而該寶藏與基德盯上的刀似乎有所關聯......神秘「劍客」的身影步步逼近，決定天下的寶藏爭奪戰之謎，現在，即將揭開序幕—!